SMP Negeri 1 Sesayap Hilir berdiri sejak tanggal 1 Agustus 2002 berdasarkan Surat Keputusan Nomor 071/SK/3/2002 yang merupakan Unit Gedung Baru atau UGB. Sekolah ini pada awalnya berdiri di Jl. Aji putra RT.4 Sesayap, Kab.Bulungan, yang selanjutnya melalui pemekaran daerah sekolah ini berada di Kecamatan Sesayap Hilir Kabupaten Tana Tidung. Sebagai Unit Gedung Baru, kondisi sekolah saat itu sangat terbatas baik jumlah pendidik, tenaga kependidikan, jumlah sarana prasarana, maupun keadaan lingkungannya.
Saat ini SMP Negeri 1 Sesayap Hilir telah ditetapkan sebagai SMP Terpadu Unggulan 2 di Kecamatan Sesayap Hilir yang berkonsepkan FUllday School, mendampingi SMP Terpadu Unggulan 1 Tana Tidung di Tideng Pale yang berkonsepkan Boarding School (Sekolah Berasrama)
Terwujudnya SMP Negeri Terpadu dan Unggulan dalam menghantarkan Generasi muda Kalimantan Utara yang Religius, Nasionalis, Cerdas dan Berdaya Saing.
Menyelenggarakan pendidikan agama melalui proses habitulasi ibadah sesuai dengan keyakinan peserta didik di sekolah maupun di asrama.
Menyelenggarakan pendidikan wawasan kebangsaan Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI) berdasarkan Pancasila, UUD 1945 dan Bhinneka Tunggal Ika.
Menyelenggarakan pembelajaran intrakurikuler dan kokurikuler berdasarkan kurikulum Nasional Plus.
Menyelenggarakan pembelajaran ekstrakurikuler dalam rangka menumbuhkembangkan bakat dan minat peserta didik.
Sekolah Kami dilengkapi dengan prasanara utama yang mendukung manajemen pendidikan yang memadai, di antaranya: Kantor Kepala Sekolah, Ruang Guru, Lobi, Tata Usaha, Ruang BK/BP, Ruang Piket Guru, UKS, Ruang Osis, Ruang Seni, Ruang Server, Kantor Satpam dan Gudang, Parkir, Kamar Mandi Guru, Kamar Mandi Siswa, Koperasi, dan Kantin
Pendidikan di SMPN Terpadu Unggulan 2 menyiapkan anak yang memiliki kompetensi di abad 21, kesiapan kami didukung oleh sarana , Dua ruang Lab Komputer, Perpustakaan, Masjid, Musholla Guru, Green House, Gedung Olahraga, dan Panggung Terbuka
SMPN Terpadu Unggulan 2 Tana Tidung memiliki banyak prestasi dari tingkat regional maupun nasional.
